中国音乐学院音乐教育系建立于1989年。

1988年初，中国音乐学院论证新设专业，开始对音乐教育专业进行论证和申报工作。1988年11月29日，文化部教育局正式批准中国音乐学院增设音乐教育专业，1989年开始招生。1990年12月8日，经文化部批准，中国音乐学院音乐教育系成立，当时下设4个教研室：音乐理论教研室、键盘乐教研室、声乐教研室、成人教育教研室，以及音乐教育学研究室和音乐教育信息资料中心。

音乐教育系建立之初，在办学的实践探索中，经过充分的酝酿和讨论，就确立了“面向普通教育”的办学思想；确立了本专业“音乐与教育交叉”，具有“综合性”、“实践性”的课程建设思想；并在一些基础学科实施了积极和稳妥的改革，诸如钢琴、声乐、视唱练耳、英语等课程中逐步实行了目标化分级管理；在教学管理制度方面建立了干部和教师的岗位责任制、考勤制度、专长选修制、个别课教学的师生双选制、考试委员会制度等，对办学思想以及管理的规律进行了积极的探索，为音乐教育系的发展奠定了稳固的基础。

音乐教育系在办学之初，培养对象的层次包括本科、专科，办学形式涵盖全日制普通教育、脱产成人教育、函授成人教育，成人教育后全部转入学院成人教育部。1993年起，开始招收硕士研究生。2005年，中国音乐学院成为博士学位授予单位。在博士学位授予权单位的申报过程中，本系在音乐学专业框架下参与了音乐教育学、音乐心理学研究方向的申报工作并获得批准。2007年，本系招收了第一届音乐心理学研究方向博士研究生1名。

音乐教育系在发展过程中，曾得到国内外专家教授的鼎立支持，周广仁、倪洪进、全如珑、周铭荪、仲伟、朱以为、杨鸿年、孙云鹰、张自强、许敬行、张大英、邱大成、谢嘉幸、张云田、梅红夫、李其芳、陈比钢、郭志鸿、谢华珍、杨鸣、张式谷、卞萌等为本系的教学和学科建设投入了巨大的努力；从建系之初就担任本系教学的系内专家教授杨通八、张畴、徐晓林、肖承兰、葛德月、王苏芬、谢嘉幸、赵惠敏、郑秀兰、郑景宣等如今仍然活跃在本系的教学岗位上，有力地支持和保障了本系的教学质量。本系自筹备到建立起，历任系行政和系党支部的负责人有杨通八、谢嘉幸、徐晓林、赵惠敏、范建明、管建华、江凡、傅利民、姚艺君、刘沛。现任系主任刘沛、系党支部书记/系副主任江凡。